Los encuentros por los dieciseisavos de final del Torneo de Copa 2024-2025 quedaron definidos después de la clasificación de Águila FC de la Liga Nacional de Fútbol Aficionado (LINAFA) y de Guadalupe FC de la Liga de Ascenso (LIASCE).
El conjunto que pertenece a LINAFA avanzó tras eliminar a Sarchí FC (LIASCE) en penales (3-0), tras igualar en los 90 minutos 2-2 en el estadio Ernesto Rohrmoser.
Por su parte, Guadalupe FC (LIASCE) dejó en el camino a la Asociación Deportiva Rosario (LINAFA) con un contundente 3-1, en partido realizado en el estadio “Colleya” Fonseca.
Los vencedores de estas series avanzarán a la ronda 3 (octavos de final) que se jugará entre el 20, 21 y 22 de agosto de 2024.
La segunda ronda se jugará de la siguiente manera:
